息子さんの行為は不法行為に当たりますから、会社に対して損害賠償責任を負います。ただし、一般的に労働者は会社に比べて資力に乏しく、そんな労働者が会社に生じた損害を全額賠償しなければならないとなると、労働者に酷な結果になるという配慮から、裁判例では、労働者の損害賠償責任が制限されています。具体的には、労働者に重大な過失まで認められない事例では、様々な事情を考慮して会社による賠償請求が棄却されたりしており、労働者に重大な過失が認められる事例でも、労働者が負う賠償責任が二分の一や四分の一程度に制限されています。背任などの悪質な不正行為で会社に損害を生じさせれば、労働者の賠償責任は制限されませんが、交通事故で会社に損害を生じさせたような場合には、労働者の賠償責任は一定程度に制限されることが多いと言えるでしょう。なので、あとはいろいろな事情を考慮しないといけませんが、息子さんとしては、全額賠償までする必要はないと思われます。

労働基準法第一六条は「使用者は、労働契約の不履行について違約金を定め、又は損害賠償額を予定する契約をしてはならない」と定めています。お話の出た契約は、この労基法の規定に反して無効になると思われます。

労働契約法第一六条は「解雇は、客観的に合理的な理由を欠き、社会通念上相当であると認められない場合は、その権利を濫用したものとして、無効とする」と定めています。もし、息子さんが修理費全額を賠償しないことを理由に、会社が息子さんを解雇したとしても、その解雇は無効になると思われます。